Hammerhavnen blev bygget i 1893 som udskibningssted for det nyoprettede Hammerens Granitværk. Som sådan fungerede den til begyndelsen af 1970’erne, da Hammerværket blev nedlagt.
Mange ældre bornholmere kalder havnen for Sæne Havn. ’Sæne’ er et gammelt bornholmsk navn for sand eller sandstrand. I middelalderen var Sæne Bugt på grund af de forholdsvis lette tilsejlingsforhold anløbsplads til Hammershus, og der er fortsat en mindre sandstrand inde i havnen.
Om sommeren besøges Hammerhavnen af en del lystbåde, og er hjemsted